Para auxiliar em sua rotina acadêmica, os estudantes e docentes da FMBRU-USP contam com uma estrutura técnica e administrativa que se responsabiliza pelos procedimentos internos afetos aos Cursos e aos estudantes, cumprindo as normativas que regem o ensino na Universidade de São Paulo. A estrutura, comandada pela ASSISTÊNCIA TÉCNICA ACADÊMICA, é composta por:  Serviço de Graduação, Serviço de Pós-Graduação, Seção de Apoio Acadêmico, e Seção Técnica de Pesquisa, Cultura e Extensão.

No caso das atividades de Cultura e Extensão, como é o caso dos Programas de Residência Médica, a área responsável por todos os afazeres acadêmicos, administrativos e técnicos é a Seção Técnica de Pesquisa, Cultura e Extensão.